El Real Decreto 2/2020, de 12 de enero, por el que se reestructuran los departamentos ministeriales dispone en su artículo 19 que corresponde al al Ministerio de Ciencia e Innovación la propuesta y ejecución de la política del Gobierno en materia de ciencia, desarrollo tecnológico e innovación en todos los sectores.

El Instituto de Salud Carlos III O.A., M.P. (ISCIII) se adscribe orgánica y funcionalmente al Ministerio de Ciencia e Innovación, a través de la Secretaría General de Investigación.

No obstante, el ISCIII está sujeto a una doble dependencia funcional de los Ministerios de Sanidad y Ciencia e Innovación, en la esfera de sus respectivas competencias.

En particular, depende funcionalmente del Ministerio de Sanidad para la realización de aquellas actividades que desarrolle en materia de salud, de planificación y asistencia sanitaria y, en coordinación con el Ministerio de Ciencia e Innovación, de aquellas otras de investigación aplicada cuando tengan traslación al Sistema Nacional de Salud.

La dependencia funcional del Instituto de Salud Carlos III respecto de los Ministerios de Ministerio de Ciencia e Innovación y de Sanidad se articula a través de la Comisión Mixta de Coordinación creada por el Real Decreto 1589/2012, de 23 de noviembre.